A polgárháború 1936. július 18-án tört ki Spanyolországban, és ez a Chamartín stadionra is rányomta a bélyegét; borzasztó állapotba került a létesítmény. A hatalmas károk kijavítására jelentős mennyiségű pénzt kellett befektetni, és 1939. októberében újra megnyitotta kapuit az első háború utáni városi derbivel, ahol a blancók 2-1-re legyőzték az Atlético Madrid csapatát. A szurkolók lelkesedése a háború során sem fogyatkozott meg, a stadion teltházat regisztrálhatott azon a napon. Az ezt követő folyamatos felújítások során a stadion kapacitása 25 ezer főre emelkedett, de a szurkolói igény már olyan mértékeket öltött, hogy ez sem volt elég a Real Madrid számára.

A Nuevo Chamartín stadion lelátója az építkezések során

Santiago Bernabéu akkor már régóta álmodozott róla, hogy építsen egy új stadion a klub számára, és ez az álom 1943-ban valóra is vált, mikor elnöki pozícióba került a klubnál. Mikor belekezdett az új stadion építésébe, sokan túlságosan is ambiciózusnak vélték terveit, melyek egy százezer fő befogadására alkalmas létesítményt takartak. A Nuevo Chamartín stadion lett Európa legjobb pályája, és világviszonylatban is a legmodernebbek közé tartozott. 1947. decemberében nyitotta meg kapuit egy, a portugál Os Beleneses ellen 3-1 arányban megnyert mérkőzésen. Az új stadionban a Real Madrid első gólját Sabino Barinaga szerezte.