A csapat a változás korszakán ment keresztül ebben az évtizedben. Spanyolországban messze nem volt párja a Real Madridnak, nyolcszor emelhették magasba a spanyol bajnoknak járó trófeát, ebből ötöt zsinórban. Ami a nemzetközi porondot illeti, ebben az időszakban tette zsebre a klub a hatodik BEK serleget.
Az 1961-62-es szezonban a Real Madrid ismét egy kiváló idényt élvezhetett, hiszen megnyerték a bajnokságot és a kupát is, a BEK-ben pedig ezüstérmesként futottak be. 1962. március 18-án A Real újabb bajnoki címet nyert, aznap hazai pályán játszottak és a bajnokságból még hátravolt két forduló. 1962. július nyolcadikán a kupadöntőn a Sevilla volt az ellenfél, őket 2-1 arányban győzték le a blancók.
Ők voltak Spanyolország és Európa királyai. 1966. május tizenegyedikén, a Partizan Belgrád elleni 2-1-re megnyert döntőn ismét Európa trónjára ült a csapat. A Di Stéfano és Puskás nélkül felálló Real Madridban a legtapasztaltabb játékos Gento volt. A többi játékos között szerepelt Araqustáin, Pachín, Pedro de Felipe, Sanchís, Pirri, Zoco, Serena, Amancio, Grosso és Velázquez. A „Hatodik” megnyerése után négy játékost lencsevégre kaptak, ahogyan a Beatles-t imitálták, ezután úgy híresedtek el, mint a „yé-yé”, a liverpooli banda „She Loves You” című dalának refrénje után.
A varázsló mágiája
Santiago Bernabéu felismerte, hogy a csapatnak szüksége volt néhány új arcra, ha a csúcson akarnak maradni. 1962-ben a Real Madrid leigazolt egy 22 éves galíciai csatárt, Amancio Amarót, „a varázslót”. Amancio nagy szerepet játszott abban, hogy korábban a Deportivo La Coruna feljutott a spanyol első osztály küzdelmeibe. Érkezésétől fogva állandó kezdőjátékos volt Miguel Munoz edző alatt, uralta a pálya jobb szélét és ragyogó teljesítményével elnyerte a Real Madrid szurkolóinak bizalmát és szeretetét is.
A „Szőke nyíl” elköszön
Tizenegy évnyi labdarúgás után Alfredo Di Stéfano búcsút intett a Real Madrid szurkolóinak. Rendkívüli pályafutás ért ezzel véget, utolsó hivatalos mérkőzését 1964. május 27-én játszotta a Real Madridban. Három évvel később megkapta jól megérdemelt búcsúmérkőzését is, ezt a Celtic ellen játszotta a Real Madrid. A 13. percben a Real Madrid legenda levette a csapatkapitányi karszalagot és átadta Grossónak. A Bernabéu közönsége álló ovációval búcsúzott tőle, ezzel tisztelegve a legenda karrierjének, és többek közt 308 góljának.
Zsinórban öt bajnoki cím
A klub befektetései meghozták a gyümölcsüket. 1965. április 18-án a Real Madrid megnyerte akkor zsinórban ötödik bajnoki címét is. Ez volt a klub történelme során az első eset, hogy zsinórban öt alkalommal is bajnoki győzelmet ünnepelhettek. Ebben a szezonban (1964-65) csatlakoztak a csapathoz azok a játékosok, akik később „Yéyé” néven lettek ismertek: Grosso, Pirri, Sanchís és De Felipe.
Az évtized folyamán begyűjtött elismerések: