Az évtizedet többek közt az Európa csúcsára való győzedelmes visszatérés, a Kilencedik BEK/BL serleg, valamint a harmadik Interkontinentális Kupa, és öt bajnoki cím fémjelezte. Ezen kívül Florentino Pérez átszervezte a klub gazdálkodását, ezzel a bolygó leggazdagabb klubjává téve a Real Madridot.
A vezetőedzői poszton Vicente del Bosque maradt egészen 2003-ig. Filozófiája és jellegzetes focija igazi bajnokcsapattá tette a Real Madridot. Irányítása alatt a csapat másodszor is magasba emelhette a legrangosabb európai kupasorozat serlegét, nyert még egy Interkontinentális kupát, kétszer lett spanyol bajnok, továbbá egy-egy alkalommal a Spanyol Szuperkupában és az UEFA Szuperkupában is diadalmaskodott. Ezzel a korszakkal legfeljebb az ötvenes-hatvanas évek Real Madridja vehette fel a versenyt.
Florentino Pérez vezetése alapos változásokat hozott a klub felépítésében. Átszervezte az intézmény gazdálkodását, ezzel a Real Madrid vált a világ leggazdagabb klubjává. Teljesen felújította a Santiago Bernabéu stadiont, új sportkomplexumot hozott létre Valdebebasban, és megnyitotta az Alfredo Di Stéfano stadiont is, mely a Real Madrid Castilla otthona lett. Ezalatt a pályán is valóra váltotta a szurkolók álmát, megszerezte a csapatnak Zidane-t, Ronaldót és Beckhamet.
Második elnöksége alatt (2006-tól) folytatta a szurkolók öröméért folytatott hajszáját, a legjobb játékosokat és vezetőedzőket hozta a csapathoz. Többek közt olyan nagyszerű játékosok érkeztek a Real Madridhoz, mint Cristiano Ronaldo és Benzema, és olyan remek szakemberek mint José Mourinho. A portugál vezetőedző egy héttel azután érkezett a Santiago Bernabéuba, hogy ugyan ott a magasba emelte a Bajnokok Ligája trófeát az Inter Milan edzőjeként.
Történelmi száz év
A Real Madrid 2002. március hatodikán ünnepelte alapításának századik évfordulóját. A szurkolók intenzív és érzelmekkel teli évet tudhattak maguk mögött, és a klub számos rendezvénynek adott otthont az évforduló alkalmából. Az ünnepség tiszteletbeli elnöke I. János Károly spanyol király volt. Az már csak hab volt a tortán, hogy a szezon végén a Real Madrid megnyerte történelme kilencedik BEK/BL serlegét, a harmadik Interkontinentális Kupáját és az első UEFA Szuperkupáját.
Zsinórban két bajnoki győzelem
A 2006-07-es szezonban Fabio Capello visszatért a Real Madridhoz, és győzelmi vágya ismét kihatott az egész csapatra. A Real Madrid az ő irányításával emelhette magasba történelme harmincadik spanyol bajnoki trófeáját. A diadal űzése 2007. március 18-án kezdődött, mikor a Barcelona elleni 3-3-as döntetlen után a csapat jelentős változáson ment keresztül. A legutolsó tizenkét fordulóból a Real Madrid tízet megnyert, és 1-1- alkalommal játszott döntetlent illetve kapott ki. A 2007-08-as szezon ismét a győzelemről szólt, a Real Madrid már a bajnokság legelején világossá tette szándékait, a második fordulótól kezdve vezette a tabellát a csapat.
Az évtized folyamán begyűjtött elismerések: